ด้วยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 7 กรกฎาคม 2546 มีผลให้หน่วยงานทางการศึกษาเดิมทั้งระดับจังหวัด และและระดับอำเภอยุบ ไปอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษา และสำนักงานคณะกรรมการ การศึกษา ขั้นพื้นฐาน ได้มีคำสั่ง ที่ 66/2546 เรื่องให้ข้าราชการครูปฏิบัติหน้าที่ผู้ตรวจราชการของเขตพื้นที่การ ศึกษาในระดับอำเภอ/กิ่งอำเภอ ลง วันที่ 16 กรกฎาคม 2546
        คำสั่งดังกล่าว ได้แต่งตั้งข้าราชการครูซึ่งเคยดำรงตำแหน่งหัวหน้า/ผู้ช่วยหัวหน้าการประถม ศึกษาอำเภอ/กิ่งอำเภอ ศึกษาธิการอำเภอ/ กิ่งอำเภอ ตามโครงสร้างเดิม ปฏิบัติหน้าที่ผู้ตรวจราชการ ของเขตพื้นที่การศึกษาในระดับอำเภอ /กิ่งอำเภอ ในพื้นที่ซึ่งเคยดำรงตำแหน่งอยู่เดิมอีกตำแหน่งหนึ่ง
       ประกอบกับผู้ที่เคยดำรงตำแหน่งหัวหน้า/ผู้ช่วยหัวหน้าการประถม ศึกษาอำเภอ/กิ่งอำเภอ ศึกษาธิการอำเภอ/ กิ่งอำเภอ ตามโครงสร้างเดิมได้รับมอบหมายให้รับผิดชอบกลุ่มงานส่งเสริม ประสิทธิภาพการจัดการศึกษาอีกตำแหน่งหนึ่ง ซึ่งมีขอบเขตความรับผิดชอบมากพอสมควร
       ดังนั้น เพื่อให้การปฏิบัติงานตามที่ได้รับมอบหมายมีประสิทธิภาพ จึงได้รับอนุญาตให้ใช้สถานที่ สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอนเดิม เป็นสถานที่ปฏิบัตงาน พร้อมกับเรียกชื่อว่า
"สำนักงานผู้ตรวจราชการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 1"
      ต่อมาสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 1 ได้ปรับปรุงสถานที่และจัดห้องขึ้นใหม่  โดยให้ผู้ตรวจราชการทั้งหมด ไปอยู่รวมกัน เพื่อง่ายต่อการติดต่อประสานงาน  จึงได้ย้ายไปอยู่ที่อาคารไม้หลังเก่า ด้านซ้ายมือของอาคารสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 1 ตั้งแต่วันที่ 14 ตุลาคม 2546 เป็นต้นมา